Wymóg znakowania dotyczy przede wszystkim określonych sytuacji, a nie gatunków. Z tego powodu nie można jednoznacznie wskazać, że wszystkie okazy danego gatunku, lub wszystkie okazy z gatunków ujętych w danym aneksie wymagają zawsze unikatowego znakowania. Rozdział XVI rozporządzenia Komisji nr 865/2006, poświęcony w całości zagadnieniu znakowania, szczegółowo określa sytuacje, w których unikatowe oznakowanie okazów jest bezwzględnie wymagane.
W praktyce najczęściej znakuje się następujące rodzaje okazów:

• importowane spoza UE, pochodzące z hodowli lub działalności ranczerskiej zatwierdzonej przez Konferencję Stron Konwencji, albo z Załącznika I CITES, dla których Konferencja Stron Konwencji zatwierdziła kontyngenty wywozowe; 
• dla których ma być wystawione świadectwo własności osobistej, dla wystawy objazdowej lub do użytku handlowego; 
• wszelkie ptaki importowane do Wspólnoty po 1 lipca 2007 r.; 
• wszystkie papugi będące przedmiotem handlu między krajami Wspólnoty; 
• ptaki drapieżne posiadane w celach sokolniczych.

     Od 15 listopada 2008 r. obowiązkowi znakowania teoretycznie podlegają w Polsce także okazy gatunków niebezpiecznych. Ponieważ jednak wciąż nie ma rozporządzenia określającego listę tych gatunków, przepis ten jest na razie martwy.